Początki Szkoły Podstawowej nr 65 sięgają jesieni 1961 r. W wyniku opóźnienia spowodowanego przedłużającymi się pracami wykończeniowymi oraz odbiorem technicznym budynku uroczyste otwarcie szkoły nastąpiło 27 listopada 1961 r. Społeczność mieszkańców Dolnego Miasta niecierpliwie wyczekiwała otwarcia nowej placówki oświatowej na terenie dzielnicy, a zwłaszcza nowo zapisani uczniowie, którzy pierwsze tygodnie roku szkolnego 1961 / 1962 spędzili ucząc się w sąsiednich Szkołach Podstawowych nr 3 i nr 4.

W pierwszych latach funkcję kierownika szkoły pełnił Franciszek Mokwa zaś stanowisko zastępcy kierownika sprawowała Aleksandra Kuncewicz. Pod ich kierownictwem szkoła dynamicznie rozwijała się osiągając w roku szkolnym 1961 / 1962 liczbę 694 uczniów zapisanych do 22 oddziałów, zaś już trzy lata później w roku szkolnym 1964 / 1965 liczbę 25 oddziałów do których uczęszczało 988 uczniów. W tym okresie w budynku mieściła się również Zasadnicza Szkoła Zawodowa Przyzakładowa T – 18, której uczniowie realizowali naukę popołudniami. 

20 maja 1965 r. nadano Szkole Podstawowej nr 65 w Gdańsku imię Alfa Liczmańskiego upamiętniając tym samym postać wybitnego działacza polskiego na terenie Wolnego Miasta Gdańska, nauczyciela, komendanta Gdańskiej Chorągwi Harcerzy ZHP, więźnia niemieckiego obozu Stutthof zamordowanego w trakcie II wojny światowej przez hitlerowców. W uroczystości podczas której odsłonięto usytułowany przy wejściu głównym pomnik przedstawiający Alfa Liczmańskiego dłuta Wiktora Tołkina oraz nadano społeczności szkolnej sztandar udział wzięła małżonka patrona Janina, córka Regina z mężem i wnukiem Maciejem.

Od 1 września 1968 r. nowym kierownikiem szkoły została Genowefa Janikowska, która pełniła swoją funkcję do 31 marca 1972 r. Dzień później zarządzanie szkołą przejął Stefan Bączek, który pierwszy sprawował swoją funkcję jako dyrektor szkoły. Stanowisko zastępcy kierownika, a następnie zastępcy dyrektora szkoły pełniła w latach 1968 – 1975 Zofia Bukowska. Większa część dekady lat 80. to okres rządów Józefy Mądrzyckiej – od 1 września 1975 r. do 31 sierpnia 1982 r. zastępcy dyrektora, a następnie dyrektora szkoły, którą to funkcję sprawowała do 31 sierpnia 1989 r. Duet kierownictwa placówki w latach 1982 – 1989 uzupełniała wicedyrektor szkoły Hanna Długińska.

W latach 1965 – 1989 kultywując idee przyświecające życiu naszego patrona w Szkole Podstawowej nr 65 aktywnie rozwijała się działalność harcerska. Prężnie działały drużyny harcerskie i gromady zuchowe. Działalność artystyczną prowadził składający się z uczniów placówki harcerski zespół wokalny „Przygoda 73”. 27 listopada 1973 r. odbyło się uroczyste nadanie sztandaru im. Alfa Liczmańskiego Szczepowi ZHP.

Od 1 września 1975 r. po likwidacji Szkoły Podstawowej nr 3 ulice wchodzące w skład obwodu tej szkoły zostały włączone w obręb obwodu Szkoły Podstawowej nr 65. Ten sam rok przyniósł nowe otwarcie w działalności społeczności uczniowskiej rozpoczynając pełną sukcesów działalność Samorządu Uczniowskiego.

Mocną stroną naszej działalności jest edukacja sportowa. Od 1975 – 1988 r. w Szkole Podstawowej nr 65 funkcjonowały klasy kajakarskie wykorzystując tym samym doskonałe położenie placówki na brzegu kanału Nowej Motławy. Kolejne lata zaowocowały licznymi osiągnięciami sportowymi naszych uczniów w zawodach różnego szczebla zarówno w sportach wodnych jak i innych dyscyplinach.

Lata 80. to okres w którym uczniowie „sześćdziesiątki piątki” uzyskiwali wysokie miejsca w konkursach historycznych i biologicznych szczebla wojewódzkiego.

1989 r. przyniósł nie tylko przełomowe zmiany w kraju ale również roszady na stanowiskach kierowniczych Szkoły Podstawowej nr 65. 1 września tego roku nowym dyrektorem szkoły została Hanna Długińska, a stanowisko wicedyrektora szkoły objęła Wanda Urbańska. Duet pań dyrektor zarządzał szkołą przez całe lata 90., a nawet nieco dłużej gdyż do końca roku szkolnego 2002 / 2003.

1 stycznia 1992 r. przyniósł przekształcenia administracyjne w Szkole Podstawowej nr 65, których konsekwencją było większe usamodzielnienie finansowe szkoły. Utworzono stanowiska księgowej i kierownika administracyjno – gospodarczego.

Od połowy lat 90. Szkoła Podstawowa nr 65 stała się miejscem organizacji szeregu konkursów plastycznych i literackich szczebla wojewódzkiego. Nasi uczniowie osiągali liczne sukcesy, zdobywali nagrody, wyróżnienia i wysokie lokaty w konkursach plastycznych i sportowych różnego szczebla na  przełomie lat 90. oraz pierwszych lat nowego stulecia.

Reforma systemu oświaty z 1999 r. przekształciła dotychczasową 8 – letnią szkołę podstawową w placówkę 6 – letnią. Zmiany te dotyczyły również Szkoły Podstawowej nr 65. Skutki tej reformy jak i pogłębianie się niekorzystnych zmian demograficznych w kraju oraz migracja części młodych mieszkańców Dolnego Miasta do nowo powstających dzielnic Gdańska wywarły wpływ na stan liczebny szkoły. W roku szkolnym 2001 / 2002 do klas I – VI zapisanych było 385 uczniów, a w oddziałach przedszkolnych 48 dzieci co łącznie pozwoliło na utworzenie 19 oddziałów w szkole.

1 września 2003 r. nowym dyrektorem Szkoły Podstawowej nr 65 została Jolanta Kwiatkowska – Reichel, która pełni swoją funkcję do dnia dzisiejszego. Na przestrzeni tych lat na stanowisku wicedyrektora szkoły zasiadali kolejno: Urszula Różycka, Ewa Kubiak, Łukasz Wróbel. Od 1 września 2021 r. wicedyrektorem szkoły jest Anna Marchlewska.

Nowe wyzwania jakie stanęły przed polską szkołą w XXI w. nie ominęły „sześćdziesiątej piątej”. W 2003 r. w szkole utworzono oddziały integracyjne. W szybkim czasie grono pedagogiczne poszerzyło się o wybitnych specjalistów w kształceniu dzieci i młodzieży o specjalnych potrzebach edukacyjnych, a model tego typu edukacji stał się silną stroną placówki.

W 2004 r. szkoła rozpoczęła współpracę z Centrum Sztuki Współczesnej „Łaźnia”, która zaowocowała realizacją wielu ciekawych, a często awangardowych projektów. Warsztaty dla uczniów naszej szkoły prowadzali wybitni artyści z Polski i zagranicy, a budynek szkoły wewnątrz i na jego elewacji wzbogacił się o oryginalne murale.

Jesienią 2011 r. dyrektor szkoły zorganizowała uroczysty jubileusz 50 – lecia powstania Szkoły Podstawowej nr 65.

W 2011 r. przy Szkole Podstawowej nr 65 powstał Uczniowski Klub Sportowy „Motława”. W ten sposób symbolicznie nawiązano do funkcjonujących w przeszłości klas kajakarskich. Zawodnicy i wychowankowie klubu na przestrzeni kilkunastu lat jego działalności zdobywali medale w zawodach wojewódzkich, mistrzostwach kraju, a nawet podczas imprezy tak wysokiej rangi jak mistrzostw świata. UKS doczekał się w swoim gronie członków kajakarskiej kadry narodowej.

Program edukacji wodnej realizowany w SP nr 65 oprócz szkolenia wyczynowego zapewnia uczniom szkoły udział w zajęciach o charakterze rekreacyjnym i korzystanie ze sprzętu wodnego takiego jak kajaki i smocze łodzie.

W szkole kładziony jest nacisk na wychowanie patriotyczne i obywatelskie młodzieży. Działania te realizowane są poprzez organizację apeli z okazji świąt państwowych, propagowanie i rozpowszechnianie wiedzy o patronie – Alfie Liczmańskim, organizowanie na terenie placówki szkolnych i międzyszkolnych konkursów dotyczących ww. tematyki. Elementem wpisującym się w tego typu aktywność są organizowane co roku od 2013 r. uroczyste obchody Narodowego Dnia Pamięci „Żołnierzy Wyklętych” podczas którego gościmy przyjaciół naszej szkoły – kombatantów, przedstawicieli władz państwowych i samorządowych, instytucji naukowych, placówek kształcenia.

W szkole krzewimy pamięć o Polakach żyjących na dawnych kresach wschodnich Rzeczypospolitej. Od 2016 r. zrealizowaliśmy i braliśmy udział w kilku projektach, o charakterze międzynarodowym w których uczestniczyli przedstawiciele grona pedagogicznego oraz uczniowie realizowanych na terenie Polski, Litwy, a ostatnio także na Ukrainie. Udało nam się nawiązać współpracę z dwiema polskimi szkołami z Wileńszczyzny – Gimnazjum im. Tadeusza Konwickiego w Bujwidzach oraz Gimnazjum im. św. Stanisława Kostki w Podbrzeziu. W ostatnich latach społeczność naszej szkoły uczestniczyła w akcjach zbiórek przyborów szkolnych dla dzieci ze szkół polskich na kresach i żywności dla kombatantów na mieszkających tych terenach. Większość tych aktywności była możliwa dzięki współpracy z działającymi w kraju organizacjami i instytucjami takimi jak: władze Gdańska, Stowarzyszenie Traugutt.org z Pruszcza Gdańskiego, Instytut Pamięci Narodowej, Muzeum II Wojny Światowej, Fundacja Gdańska, stowarzyszeniami kombatantów i osób kultywujących pamięć o walce żołnierzy AK, NSZ.

Od kilkunastu lat delegacja uczniów stanowiących poczet sztandarowy wraz z nauczycielem korzysta z zaproszenia naszych przyjaciół ze Szkoły Podstawowej im. Zygmunta Bukowskiego w Czerniewie biorąc udział w corocznych uroczystościach odbywających się w Granicznej Wsi – miejscu kaźni patrona naszej szkoły Alfa Liczmańskiego.

Krzewimy wśród uczniów Szkoły Podstawowej nr 65 ideę wolontariatu. W latach 2004 – 2021 funkcjonowało Szkolne Koło Caritas. Organizujemy akcje charytatywne, opiekujemy się grobami kombatantów, wspieramy hospicjum i schronisko dla bezdomnych zwierząt.

Nasi uczniowie w ostatnich latach odnosili sukcesy w zawodach sportowych oraz konkursach wokalnych, artystycznych, plastycznych na szczeblu miejskim, wojewódzkim i ogólnopolskim. Duże osiągnięcia uzyskali również uczniowie z niepełnosprawnościami i trudnościami w nauce.

Swoje zainteresowania uczniowie rozwijają na zajęciach organizowanych w naszej szkole. Od wielu lat prężnie działa koło turystyczno – regionalne. Podczas rajdów terenowych uczniowie poznają przyrodę, geografię, historię i kulturę regionu. Silny nacisk kładziony jest również na edukację ekologiczną. Dla dzieci i młodzieży ze specjalnymi potrzebami edukacyjnymi organizowane są zajęcia korekcyjno – kompensacyjne, rewalidacji indywidualnej, terapii integracji sensorycznej, terapii metodą Tomatisa, zajęcia sensoplastyki,  zajęcia logopedyczne, zajęcia rewalidacji logopedycznej, zajęcia rozwijające kompetencje społeczno – emocjonalne, Trening Umiejętności Społecznych (TUS), zajęcia profilaktyczne (warsztaty z pedagogiem i pracownikami PPP).

Szkoła stała się ważnym ośrodkiem życia kulturalnego i obywatelskiego Dolnego Miasta. W jej gmachu odbywają się spotkania podczas których prowadzone są dyskusje mieszkańców na temat zmian zachodzących w dzielnicy. Szkoła co roku organizuje festyny i angażuje się w wydarzenia kulturalne organizowane przez władze miejskie na Dolnym Mieście. Dyrekcja szkoły współpracuje z lokalnymi organizacjami społecznymi, sportowymi, charytatywnymi, kulturalnymi oraz Parafią rzymsko – katolicką pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Jest także siedzibą istniejącego od 2004 r. Stowarzyszenia Inicjatyw Lokalnych „Bliżej Centrum” powołanego do życia z inicjatywy dyrekcji i pracowników naszej placówki.

Od 2003 r. po kilku latach przerwy reaktywowana została działalność harcerska w naszej szkole. Nasza placówka stała się siedzibą drużyn harcerskich. Obecnie funkcjonuje tutaj 65 Gdańska Drużyna Harcerska im. Alfa Liczmańskiego.

9 października 2020 r. przed gmachem szkoły odbyła się uroczystość zasadzenia Dębu Katyńskiego oraz odsłonięcia tablicy pamiątkowej upamiętniającej zamordowanego przez Sowietów pchor. Władysława Precela. W uroczystości przeprowadzonej z zachowaniem ceremoniału wojskowego udział wzięła rodzina bohatera, przedstawiciele wojewody, władz samorządowych, oficerowie Wojska Polskiego, przedstawiciele IPN, Muzeum II Wojny Światowej, reprezentanci Stowarzyszenia Rodzina Katyńska, organizacji kombatantów. Salwę honorową oddała kompania reprezentacyjna 49. Bazy Lotniczej w Pruszczu Gdańskim. Uroczystość uświetniła swoją grą orkiestra Morskiego Oddziału Straży Granicznej.

W 2015 r. rozpoczął się pierwszy etap prac remontowych gmachu szkoły. Budynek został poddany termomodernizacji. Zmieniła się elewacja gmachu i sali gimnastycznej. W kolejnych latach przeprowadzono kompleksowy remont sal lekcyjnych, korytarzy, toalet. Przebudowano i zbudowano nowe szatnie sportowe, natryski. Nauczyciele wychowania fizycznego otrzymali nowe, wyremontowane pomieszczenie. Powstały nowoczesne salki korekcyjne, siłownia, harcówka, a także doskonale wyposażona sala terapii integracji sensorycznej, sala komputerowa, pracownia językowa, czytelnia szkolna. Szkoła zakupiła nowoczesny sprzęt multimedialny. Ostatnim etapem prac remontowych była przebudowa boiska szkolnego i stworzenie wielofunkcyjnego kompleksu boisk oraz wiaty na sprzęt wodny.

Otwarcie kompleksu sportowego nastąpiło w dniu 25 września 2021 r. podczas festynu z okazji 60 – lecia powstania Szkoły Podstawowej nr 65. Symbolicznego przecięcia wstęgi wspólnie dokonały Wiceprezydent Gdańska Monika Chabior oraz dyrektor Jolanta Kwiatkowska – Reichel. Gośćmi honorowymi uroczystości byli: córka patrona naszej szkoły Regina Liczmańska – Małek, wnuk Maciej Małek, a także mjr Jerzy Grzywacz -  Prezes Okręgu Pomorskiego Światowego Związku Żołnierzy AK i Oddziału Morskiego Stowarzyszenia Szarych Szeregów oraz Janina Wolska – wdowa po Zygmuncie Wolskim żołnierzu 3. Brygady Wileńskiej AK – przyjaciele naszej szkoły. Wśród zaproszonych gości znaleźli się przedstawiciele władz wojewódzkich i samorządowych, kuratorium, oświatowych związków zawodowych, licznych organizacji i stowarzyszeń, a także byli pracownicy oraz absolwenci naszej szkoły. Festyn uświetniły przedstawienia teatralne, występy wokalne i taneczne, wystawy, warsztaty kreatywne i sportowe oraz pyszny poczęstunek serwowany przez panie pracujące w szkolnej kuchni.

W wyniku kolejnej reformy oświaty od 2019 r. Szkoła Podstawowa nr 65 ponownie przekształciła się w placówkę 8 – letnią. W roku szkolnym 2021 / 2022 do naszej szkoły uczęszczało 265 uczniów zapisanych do 17 oddziałów. Blisko co piąty uczeń pochodził z zagranicy. Zdecydowaną większość tej grupy stanowili uczniowie z Ukrainy i Białorusi, ale naszą społeczność szkolną wzbogacają również dzieci pochodzące z tak odległych i egzotycznych krajów jak Egipt czy Kostaryka. Od kilkudziesięciu lat w naszej placówce uczą się przedstawiciele społeczności romskiej.

W dynamicznie zmieniającym się, zglobalizowanym świecie harcerskie wartości jakimi w swoim życiu kierował się nasz patron Alf Liczmański wpisane w misję i wizję naszej szkoły zapewniają jej uczniom nieskrępowany rozwój ich wiedzy oraz umiejętności w atmosferze otwartości i tolerancji, a jedocześnie wpajają młodemu pokoleniu poszanowanie dla tradycji naszego kraju i regionu.